1.伦理学原则
临床科研原则上是不可以用人来做实验研究的，只能用观察或分析的设计方案进行研究。防治方法的研究必须对药物安全性、方案可行性、技术成熟度有比较全面的把握才可以进行研究。研究的内容，诊治方案都需要经过受试者同意后才可以试用，需要符合伦理委员会的要求方可进行。
2.对照组设定的原则
①正常对照（空白对照）：是指在实验中空白组与研究组采用相同的实验条件，但空白组不加任何的实验因素，实验结果可以证明实验因素的添加后对对象人群的实验效应。比如，在药物实验中，给予与受试药物等容量的生理盐水或蒸馏水，来证明药物治疗的效果到底如何。
②阳性对照：是指选用与受试品近似且已知的有效药物作对照，观察两组诊疗方案最终结果的优劣，证明实验方法的灵敏度和可行性，改进临床诊疗方案。
③自身对照：在同一受试个体或群体进行处理前后的比较，比较诊疗前后的病症情况的差异，衡量临床诊治是否有效。如同一药物给药前后的比较，两种药物先后分别给药的比较。
④模型对照：复制疾病模型，与实验组进行比较。
⑤溶剂对照：当受试品需要在特殊溶剂中溶解时应设立溶剂对照组，以排除溶剂对实验结果的影响。
3.随机化原则
随机化是指按照机遇的原则进行抽样或分组，使各受试对象被分配到各组的机会均等，而不受主观因素的影响。通过随机分组，尽量使抽取的样本能够代表总体，减少抽样误差，并使各组样本的条件尽可能一致，从而使处理因素产生的效应更加客观。随机化的方法有抽签法、抛硬币法、随机数字表等。
4.重复原则
重复原则包括两个含义：一是实验必须有足够的样本数或例数，在一次实验中有充分的重复；二是要使实验结果可靠，必须多次重复实验。也就是说，实验要有一定的例数和次数。
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